自从成吉思汗时代以来，蒙古的官方制度就保留了许多古老旧俗。
忽必烈时期，由于统治中心已转移到汉族地区，并逐步建立和完善了一套完整的中央官方制度，奠定了元朝中央官方制度的基础。
它为统一多民族国家的巩固与发展，做出了一定的贡献。
1202年，蒙古首领铁木真设扎鲁忽赤(断事官)，统领司法、行政、财政等事务，出现了专职行政官员。
1206年，又设立了也可扎鲁忽赤，其地位位于大汗之下，是众扎鲁忽赤的长官，出现了行政长官。
元世祖之后，中央政务归属于中书省，也可札鲁忽赤及其属官员，改为大宗政府。
专门负责上都、大都的蒙古人、怯薛人、军站色目人的司法事务。
此外，成吉思汗时期还设立了太师职务，授予元勋重臣，作为褒奖。
太师一职，后来演变成太师、太傅、太保等三公，仍然是没有固定执掌的荣誉官衔。
1231年，窝阔台设立中书省，但尚未形成固定机构。
1260年，正式设立了固定的中央政务机构中书省。
此后，虽然尚书省在元世祖、元武宗三次设立，但后来在撤销尚书省之后，中书省一直是元朝政府唯一的中枢机构。
中书省设置中书令一人，元世祖之后，均由皇太子兼任，因此常常虚设。
真正主持中书省的官员，则是右、左丞相各一人，其副职有平章政事、右左丞、参政等。
中书省直属办公机构，是参议领导下的左右司。
下属政府机构为吏、户、礼、兵、刑、工六部，各设尚书、侍郎等官职。
他们分别掌管人事、财政、礼教、军事、司法、工程、制作等事项。
元世祖在位期间，中央行政机构日益完善。
这些机构的设立大致如下：
1260年，设立总制院，负责佛教和吐蕃事务，由国师掌管。
该机构改名为宣政使、设院使、同知等官职。
同一年，设立的还有太常寺、符宝郎、太医院、司天台等。
太常寺改名为太常礼仪院，负责礼乐、祭祀、封礼等事宜。
符宝郎则负责宝玺、符牌、印信等事务，后来成立了符宝局，又改名典瑞院。
太医院则负责国家医疗和宫廷医疗的事务。
司天台掌管天文历算，后分为掌管历法的太史院与掌管天文历算学院的司天台。
司天台又改名为司天监。
另外，还设立了回回司天监，专掌回历。
1263年，主要设立军事机构枢密院和与军事有关的群牧所。
群牧所后来又改名为太仆寺，负责马政事宜。
枢密院掌管的详细事宜，可以观看“元代兵制”条例。
同年，还设立了太府监，负责库存和财物出纳。
寺和监均设立卿、少卿等官职。
中统年间(1260—1264)，忽必烈还设立了翰林学士一职，但没有设立官署。
直到1264年，翰林国史院才设立，负责掌管文化教育，并设有学士承旨、学士等官职。
后来又从翰林国兼史院，分出翰林院和未掌管教育的集贤院，以及专门负责诸王朝圣的内八府宰相。
他们与蒙古翰林学院一起翻译和撰写法令，隶属于集贤学院的中央官学有国子监等。
1268年，设立御史台，掌管监察。
御史台设有御史大夫、中丞、侍御史、监察御史等官职。
后来，为了加强对地方官府的监督，成立了江南诸道御史台与陕西诸道行御史台，简称“南台”和“西台”。
而御史台本身则称为“内台”。
南台、西台的设官，就如同内台一样。
三台分辖二十二道肃政廉访司，对十一行省各级官员进行监察。
此时，元朝已经设立了宣徽院，专门从事宫廷饮食和官府的用粮。
宣徽院下辖机构有光禄寺、大都尚饮局等。
另外，还设立了掌管兵器制造、保管、发放的军器监，后改名为“武备寺”。
1269年，设立了居注、左右补阙，负责记录皇帝和中央政府的日常活动。
后来改名为给事中、兼左右起居注与左、右侍仪奉御兼修起居注。
专门作为侍奉皇帝左右的侍从官。
1270年，为了加强对驿站的管理，成立了各种诸路都统领使司，负责掌管全国驿站。
后来改名为通政院，不久就分成了大都和上都的政院。
同年，还设立了大司农业司，掌管农桑、水利、赈灾等工作。
至此，中央行政机关已经基本设立完成。
后来，忽必烈又对中央机构进行了一些调整：
1272年，设立的秘书监，负责历代书籍和阴阳禁书。
1273年，设立的利用监，负责皮货衣物之事。
后来又设立了将作院，负责制作金珠玉石等珠宝和刺绣织造的工作。
1274年，设立了畏兀儿断事官，专门负责色目人的民政和司法事务，然后改名为都护府。
还设立了崇福司，专门负责也里可温教(基督教)的事务。
其中宣政院、都护府、崇福司的设立，反映了元朝政府对民族和宗教问题的重视。
1278年，加强了宫廷事务机构。
并且设立了詹事院，负责东宫太子的事务，后改名为储政院。
前前后后，建立了负责皇后、诸王事务的总管府，以及王傅等官职。
还设立了大都留守司，负责京城警务、财政和宫廷建设、供应等事宜。
后来又设立了专门从事御用车马，及其部件制作的尚乘寺。
这样一来，宫廷事务机构基本齐全。
还有一个重要的机构设立于元朝末年，即是都水监，专门负责水利桥梁的工作。
总而言之，忽必烈在位期间，中央官制基本定型。
即以中书省、枢密院、御史台、宣政院为支柱的中央决策和行政体制。
此后，虽然各朝都发生了变革，但上述格局从未改变。
元朝的地方行政制度是行省制，其特点是：
第一：该省既是朝廷的派出机构，也是地方最高的行政机构。
这有利于加强中央与地方政府的联系，巩固国家统一与民族融合。
第二：虽然省级制度的权力集中在中央政府，但也给地方政府留下了一些权力，以实现中央政府和地方政府之间的平衡。
第三：省级领导体制是一署多员与长官节制，相互结合。
这有利于官员之间的相互制约，即是实施集体领导与民主集中相结合的领导模式。
第四：行省权力大而不专业，成功解决了地方势力的积累问题。
元代的行省制度，这是秦朝以来县制的重大发展。
它有利于统一多民族国家的巩固，对明清及以后的政治制度产生深远影响。
从那时起，行省已成为我国的地方行政机构，一直保留到今天。
它在统一的多民族国家、各个民族的发展与交流，又得到了进一步加强。
这使我国再次出现了民族融合的新局面。
