1856年，韦昌辉等人被杀后，洪秀全召石达开回天京辅政。
第二年，洪秀全对石达开产生了猜忌。
为了防患于未然，他封了自己两个兄长为王，以抑制石达开。
眼看自己处处受到打压，石达开非常不满。
他一怒之下，带领十几万太平军的精锐部队擅自离开天京，前往四川。
从那以后，太平天国的政治、军事势力就更加分散了。
这种混乱对太平天国的命运影响很大，内部不团结，给予政权造成了极大的打击。
在这种情况下，洪秀全只好亲自掌权，提拔重用有才能的年轻将领，重新建立领导核心。
他任命后起之秀的陈玉成、李秀成、李世贤、韦志俊、蒙得恩，分别为前、后、左、右、中五军主将。
洪秀全自己则兼任军师，暂时填补了杨秀清、韦昌辉死后，以及石达开带兵离开后的首领空缺。
后来，陈玉成、李秀成、李世贤果然有所作为，成为太平天国后期的军事支柱，并取得了一系列的军事胜利。
当时在离天京不远的上海，是英国、美国等殖民主义者与清朝统治者，狼狈为奸、互相勾结、贩卖鸦片的主要港口。
中外反动势力聚集在这里，这对太平天国构成了明显的威胁。
后来，李秀成率兵攻占苏州后，便向上海大举进军。
外国侵略者鉴于太平天国反对鸦片贸易、毒害中国人民，直接影响他们的利益，于是就与清政府勾结。
英国驻华公使普鲁斯曾扬言说：“皇家海军当局应采取适当措施，保卫上海，抵抗任何势力的攻击。”
因此在美国公使的指使下，一位名叫华尔的美国人组织了一支“洋枪队”，与清政府军队勾结，大力镇压太平军。
1862年7月，太平军士气勇敢，一直攻打上海附近。
李秀成与英国、美国和法国公使会面，解释太平军大规模进入上海的目的。
并且向他们宣布说：“太平军保护上海的外国居民免受侵害。”
然而，英国、美国和法国的公使却非常傲慢，对这件事情不屑一顾。
美国人华尔率领“洋枪队”猛烈攻击太平军占领的松江、青浦，枪声大作，硝烟弥漫。
不久之后，太平军援军及时抵达青浦，击退了“洋枪队”和清军。
太平军奋力杀敌，取得了辉煌的成果。
他们杀死了600多名洋兵，缴获了2000多支洋枪，100多门火炮，100多支洋炮，数百艘大小战舰。
在这场战斗中，华尔受了重伤，“洋枪队”惨败，失去了昔日的威风。
太平军收复松江后，又乘胜大举进军上海。
此时，李秀成对外国侵略者仍抱有一些幻想，希望他们能保持“中立”，并再次向他们重申了太平军保护外国居民的政策。
但是，外国侵略者根本不买太平军的账，公开宣布“上海城和外国租界由英法联军占领”，并炮轰太平军营地，造成太平军伤亡惨重。
眼看这帮外国侵略者太顽固，太平军只好再次发动进攻，直逼上海。
就在此时，外国侵略者与清朝统治者勾结起来，组织了“中外会防局”，拼凑了一支新的“洋枪队”。
这一次，这支军队由英国海军提督何伯、陆军提督迪佛立、法国海军提督卜罗德和美国人华尔，共同领导。
他们向太平军发动了最激烈的进攻，试图一举消灭太平军，以进一步控制清政府。
太平军将士顽强抵抗敌人的攻击，面对敌人的洋枪洋炮，他们奋勇杀敌，越战越勇。
何伯受了伤，卜罗德被击毙，眼看太平军胜利在望，但就在这时，天京突然告急，李秀成不得不回师增援天京。
曾国藩的湘军分水陆两路，包围了天京。
天京告急，洪秀全只好紧急调忠王李秀成解围。
李秀成召开紧急军事会议，说：“湘军水陆并进，士气正盛，这个时候进攻，没有取胜的希望。”
“最好双方相持一两年，等到军心松懈，这场仗就好打了。”
可是洪秀全不这么认为，他派遣信使责怪道：“你为什么迟迟不解天京之围？”
“天王封你为忠王，你不救援就是不忠。”
李秀成只好带领军队，回援天京。
李秀成率领主力离开上海战场之后，其余部队继续与敌人作战。
1862年9月，英法侵略军进犯浙江慈溪，华尔率领他的“常胜军”前往增援。
在这场战役中，这个沾满中国人民鲜血的刽子手华尔，终于被太平军击毙了，英法侵略军再次遭受重创。
这年秋天，太平军和湘军展开了为期46天的激战。
战斗前期阶段，湘军被难以招架，狼狈逃跑。
然而到了战斗后期，由于李鸿章、左宗棠的两支清军和英国的洋枪队，从外围配合进攻，太平军最终败退。
1864 年6 月，洪秀全病逝。
一个多月后，湘军发动了总攻。
他们用大炮轰开南京城墙，十几万人马冲了进来，与城里仅剩的一万多太平军，展开了最后的巷战。
这一天，李秀成赶紧带着一群人冲向豁口，把事先准备好的火药，倾盆倒下，然后点燃。
一时之间，烟雾弥漫，许多人被烧死。
然而，如同潮水般的清军不断涌向缺口，太平军逐渐招架不住。
天京被清军包围了五个多月，粮食已经耗尽，太平军士兵们饿得无法反击。
而且总共只有三四千人有战斗能力，根本不是5万清军的对手。
眼看大事不妙，李秀成只好奔向宫中。
李秀成在宫门前发现了幼主洪天贵福(洪秀全的儿子)，让出自己的战马给幼主骑。
幼主骑着这匹好马，逃脱了清军的追赶。
没想到，李秀成骑了一匹不给力的马，在与清军的交战一天后，就被俘虏了。
李秀成英勇就义，后来洪福天贵被捉获，挨了1000多刀凌迟处死。
天京失守后，太平军余部继续与清军作战。
1868年，持续了18年的太平军起义，最终被彻底镇压下去了。
