虽然汉光武帝攻下了洛阳，但对各地的割据势力还是颇为忌惮。
因为各地自立为王、自立为帝的人很多，占据小块地方做土皇帝的也不在少数。
要想平定天下，必须消灭这些割据势力，而他最担心的势力，还是赤眉军这一路。
如今赤眉军占领着长安，这是一个巨大的威胁。
他不知道领兵西进的邓禹，到底打的什么主意，为什么还不攻打长安。
邓禹不但没有攻打长安，反而带着军队越走越远了。
他对将士们说：“我们孤军深入，前面没有给养，后面运粮困难，赤眉军正在势头上，如果马上和他们交战，肯定会吃亏。”
“但是他们人多粮少，继续在长安待下去，迟早会变动。”
“我探听到上郡、北地、安定三个郡，有充足的粮食和牲口。”
“我们不如先拿下这三个郡，这样就不必担心给养了，等到长安乱了，再动手也不迟。”
就这样，邓禹带着人马绕着个大弯儿，由东往北，转西向南前进。
与此同时，赤眉军在长安城内粮食耗尽，无法再待下去，他们只好出城寻找出路。
然而，他们能去哪里呢？
往北，邓禹的军队扼住了北上的道路；往东，洛阳已成为汉光武帝的大本营。
思来想去，剩下的只有往西一条路可走了。
樊崇带领着几十万大军向西流亡，但那些地方和长安相差无几，粮食和牲口早已被邓禹的军队搜刮一空。
赤眉军只能继续向西前进，谁知祸不单行，他们碰到了暴风雪，许多士兵和马匹被冻死。
在这种情况下，樊崇只能无奈地折返长安。
这时候，邓禹的兵马趁赤眉军离开的时机，已经进入了长安城。
而且这一年，关中一带发生了严重的饥荒，老百姓都没有吃的，更何况是军队呢？
赤眉军也不去攻城，因为吃饭和活命更为重要。
于是，他们开始挖掘汉朝历代帝王和皇后、妃子的坟墓，里面埋藏着大量的金银、珠宝、玉器等物品，希望能发一笔横财。
邓禹得知此事后，立刻发兵去攻打赤眉军。
然而没想到的是，赤眉军仍有实力反击。
邓禹打了个败仗，连长安也弄丢了，慌忙退到高陵（在陕西西安北）。
为了应对军中粮草短缺的问题，他只好向汉光武帝请求援助。
汉光武帝立即派冯异率领一支军队，前去替代邓禹，并嘱咐他：“长安一带的百姓已经够穷的了，将军此次征讨，如果赤眉军愿意投降，则应让士兵回家种地，最重要的是稳定人心，切勿滥杀无辜。”
冯异欣然接受命令，率军向西进发。
汉光武帝又给邓禹送去一封诏书，告诫他：“千万别死拼，赤眉军缺粮，必定会向东方转移，你赶快回来。”
冯异抵达长安后，向赤眉军发出战书，并在崤山设下埋伏。
由于饥荒的影响，赤眉军被迫向东撤退，结果在崤山陷入冯异的埋伏，拼死拼活打了一天，死伤了一大半。
为了瓦解赤眉军，冯异让一些士兵在眉毛上涂上红色，伪装成赤眉军士兵，混入其中。
赤眉军陷入困境，冯异的将士们高声呼喊：“赶快投降！投降不杀！”
这些假冒的赤眉军士兵，也积极响应：“我们愿意投降！我们愿意投降！”
赤眉军瞬间军心涣散，许多人放下武器，归顺了汉军。
剩余的十几万赤眉军由樊崇带领，向东到达了宜阳。
得知消息，冯异立即派人向汉光武帝报告。
汉光武帝随即率领大军，在熊耳山布置埋伏，等待赤眉军的出现。
樊崇没法逃脱，只好派人向汉光武帝求和。
汉光武帝下令他们投降，樊崇便带着刘盆子去见汉光武帝，献上玉玺。
赤眉军的将士们见大势已去，也交出了铠甲和兵器。
汉光武帝给这些投降的士兵，准备了丰盛的饭菜，让他们饱餐一顿。
随后，他将樊崇等人带回洛阳，给予他们官职。
可这些人曾是赤眉军的首领，十几万士兵都心向他们。
汉光武帝虽然嘴上没有说什么，但内心深处总觉得留下他们并不安全。
没过几个月，樊崇等人密谋反叛，重新打出自己的旗帜。
汉光武帝就以谋反的罪名，将他们全部处决。
经过一系列的征战和政治手段，绿林、赤眉这两支最大的起义军，最终被汉光武帝成功收编。
可他还是不放心，因为各地自称王、各自称帝的还有不少，天下正乱着呢！
其中势力最大的，要数陇西的隗嚣、河西的窦融和蜀地的公孙述。
