随着战况的急剧恶化，12日下午5点，唐生智仓促召集师以上将领布置撤退。按照撤退部署，除第36师掩护司令部和直属部队从下关渡江以外，其他部队都要从正面突围，但唐生智担心属于中央军嫡系在突围中损失太大，又口头命令第87师、第88师、第74军和教导总队“如不能全部突围，有轮渡时可过江”，这个前后矛盾的命令使中国 军队的撤退更加混乱。会议结束后，只有属于粤系的第66军和第83军在军长叶肇和邓龙光带领下向正面突围，在付出巨大代价后成功突破日军包围，第159师代师长罗策群战死。其他部队长官大多数没有向下完整地传达撤退部署，就各自抛下部队前往江边乘事先控制的船只逃离。这些部队听说长官退往下关，以为江边已经做好了撤退准备，于是放弃阵地涌向下关一带。负责封锁挹江门的第36师没有接到允许部队撤退的命令，和从城内退往下关的部队发生冲突，很多人被打死或踩死。

但教导总队的将士誓死守卫紫金山。第2团战防炮连连长颜希儒表示：“不管怎样撤退，我都不走了！”他腰里藏着两颗手榴弹，决心与敌人同归于尽。最后这个连接到撤退命令，他在组织部队撤退后带两名战士留下来，从此再也没有归队。

12日晚上，唐生智与司令部成员乘坐事先保留的小火轮从下关煤炭港逃到江北，此后第74军一部约5000人和第36师也从煤炭港乘船过江，第88师一部和第156师在下关乘自己控制的木船过江。当时逃到下关的国 军已经失去建制，成为混乱的散兵，其中有些人自己扎木筏过江。当时日军已经赶到江边，由于国 军已经混乱，不能组织有效抵抗，日军用机关枪和步枪向人群射击，许多正在渡江的国 军被射死，许多船只沉没，大量人员被淹死。大部分未能过江或者突围的中国士兵流散在南京街头，不少人放弃武器，换上便装躲入南京安全区。

13日凌晨，已经撤退到明孝陵的教导总队排长李慕超看到，中山门外的阵地上一片沉寂，惟独紫金山上的守军还在与日军激烈地拼杀，只见那里火光冲天，呼声震地。辎重营的一个排在撤退到南京城里后并没有突围或渡江北上，而是在五台山一带严阵以待，给进城的日军先头部队以突袭，最终被日军调集重兵围攻，全部壮烈殉国。此时第十六师团步兵第二十联队占领了中山门。当天，该师团第三十三联队和第三十八联队在轻型装甲车的配合下，从太平门外沿玄武湖急进至南京城北的下关江边，以截断中国 军队的退路。下午，第三十三、第三十八联队进至下关时，对正在渡江的中国 军人用机枪进行猛烈扫射，一时间江水被染得殷红。在长江边等待渡江的中国 军人有些返回南京城内，避入安全区，有些被日军射杀或俘获。接着，日军在长江边将俘获的中国 军人加以集体屠杀。

南京沦陷后，第十六师团根据事先制定好的计划，对南京城内及城外东郊地区进行"扫荡"。在"扫荡"过程中，第十六师团俘获了许多放下武器的中国 军人。

1937年12月13日，日军攻入南京城，开始了长达四十多天的南京 大 屠杀。《东京日日新闻》报道日军第十六师团中岛部队两个少尉军官向井敏明和野田毅在其长官鼓励下，彼此相约"杀人竞赛"，商定在占领南京时，谁先杀满100人为胜者。

第十六师团基本上不实行俘虏政策，决定采取全部彻底消灭的方针。仅"佐佐木部队"就处理掉约15000人，守备太平门的一名中队长处理了约1300人。在仙鹤门附近集结的约有七八千人，当时，接连不断地有俘虏前来投降，其数量高达数千人。第十六师团中的士兵丝毫不理睬上级军官的劝阻，将俘虏一个个地杀死。

日军占领南京后，以第十六师团步兵第三十旅团为"南京警备部队"，佐佐木到一担任警备司令。所谓"警备"，实际上就是搜捕放下武器、在国际安全区避难的中国士兵。佐佐木到一是个什么样的人呢？

佐佐木到一是福井县人，陆军少佐佐佐木透的长子，弟弟是陆军大尉佐佐木顺造。1905年11月毕业于陆军士官学校第18期。1906年6月作为步兵少尉担任步兵第11联队付。1911年投考陆军大学失败。意志消沉的他随所在部队第五师团和在满洲的第十一师团进行轮换，到了满洲充当铁路守备队，首次踏上中国的领土。当年中国爆发辛亥革 命，其烽火燃烧到了满洲，年轻的佐佐木到一热血沸腾，下决心终身以研究中国为目标。不过他因为piao妓 女而花光了钱，只得留在满洲。前辈劝他，如果想成为支 那通，必须是陆大毕业的。经过努力，他第三次的应试终于合格。1917年晋升为陆军大尉，6月他再次到中国东北，进行为期三周的所谓的战史旅行。11月陆军大学29期毕业，先后担任日本青岛守备军司令部军附、西伯利亚派遣军司令部附，步兵第71联队中队长。后补任兵要地志班主任，1920年回国。

1921年12月，佐佐木到一在参谋本部第五课长荒木贞夫大佐和第六课中国班长佐藤三郎的帮助下，调入参谋本部中国班。1922年被参谋本部以武官身份派遣到广州，接替矶谷廉介，广东是中国国 民党的据点，因而也就能够经常接触到国 民党官员，开始对孙 中山和其领导的国 民党进行关注。他在进行了关于国 民党研究，与那里要人们发生很深的关系，造就了后期被认为是国 民党通的底子。不久孙 中山用滇桂联军驱逐陈炯明，佐佐木到一成为孙 中山的军事顾问，曾参与制订攻打陈炯明的作战计划，在此期间借机偷走200多张10万分之一的两广地图，因此受到日本参谋部次长武藤信义的嘉奖，还发给他大本营特别出入证，不必向门卫说明，就可径直而入。和他日本士官学校前辈学长的军政部长李烈均、参谋总长程潜一起乘军用列车观战，击退沈鸿英的进犯。在列车中被孙 中山介绍认识了当时还是参谋处长的蒋中正。9月和孙 中山一起乘汽艇拖拽的帆船向惠州的陈炯明基地进发，据说他的报告为日本日后在长江作战提供了范例。他测绘的香港背面地图也成为日军1941进攻香港的依据。1924年8月上旬奉调回国，孙 中山等还亲自欢送。

1924年佐佐木到一回国，任参谋本部第二部第六课地志班长兼任陆大教官。他多次到中国出差，1926年9月晋升中佐，成为在北京的日本公使馆附武官。他的前任是板垣征四郎，后任是土肥原贤二和本庄繁。佐佐木讨厌当时的军阀，也讨厌与君临北京的安国 军总司令张作霖来往频繁的本庄，因为这个缘故张作霖的军事顾问们也讨厌佐佐木。1926年10月下旬，佐佐木再次去南京、上海、汉口等地搜集有关北伐革 命军的情报，一个月后回到北京。当晚，日本驻华公使芳泽谦吉召见了他，芳泽说：“我认为同国 民党发生正面冲突时期即将到来。”佐佐木当即回答：“正如您所说的那样！”而在当时，持这种见解的人，在日本军政要人中，佐佐木认为只有芳泽一人。

1927年2月，佐佐木到一在从北京转任南京时，曾经与蒋中正有过密切交往。4月末，佐佐木到一应蒋中正邀请，从上海来到南京与蒋中正会见。他对共 产 党进行激烈抨击，表示日本愿意与中国国 民党合作。1927年底，佐佐木到一在视察北伐战争后认为：“今年视察的结果，所谓打倒帝国主义的口号早晚还落到我 日本的头上。这是因为北伐如果成功，必然会是满洲问题，所谓收复失地-——关东州租借期限迫近-，必然会和彼等的主义发生正面冲突。”

1928年佐佐木到一随北伐军二次北上，在兖州听到日本出兵山东的消息，蒋中正大为震怒，佐佐木百般巧辩。他认为如果中国方面想要逃避“非法行为”的责任，日本只能诉诸于武力给与膺惩外部无他法。后来蒋中正以革 命军不进济南商埠为条件，要他去和日本军交涉，结果他成为风箱里的耗子，两头受气。日本人认为他是帮助国民革 命军的国 贼，而中国人认为他是日本派到中国的的奸细，差点被方振武的士兵绑起来枪毙了。正是由于中国民族革 命的怒潮和日本帝国主义的本质导致的中日矛盾不可避免，大大动摇了佐佐木以往的中国观。回国之后，他在陆军礼堂为国民革 命军做了最后一次辩护，陆相白川义则大怒，骂他：“竟讲了些不该讲的事，真正岂有此理。”怀疑他脑子是不是坏掉了，命令他去住院治疗。他强硬的回答：“我没有病，不需要住院，也没有住院的钱。”白川立即批了1000元钱要他去疗养。还把他的讲话交给新闻记者去发表，他立即成了标准国 贼，爱国会团体天天上门来找麻烦。

此后他对国民革 命和国 民党的认识发生了急剧的变化。他说：“面对济南事件，我的梦想完全破灭。必须认识到广东时代的我还年轻”。他认为国民革 命军和军阀的军队在本质上没有什么不同。这是因为革 命军直到现在仍然具有浓厚的封建私兵的意识。如果不能培养成国家的军队的话，拥有私兵的军阀仍会像先前一样割据地方，这种事态不可能发生变化。

1934年8月，多田骏离任，板垣征四郎少将继任伪满军最高军事顾问。12月，佐佐木到一以陆军大佐衔任伪满军最高军事顾问。1935年3月15日，佐佐木到一升为陆军少将。如何控制伪满军，佐佐木到一1935年在伪中央陆军训练处，对日本教官说：“要了解被征服的民族很少有敢于反抗的。我们不要只着眼于防止他们的反抗意识，而要学会使用他们为我们服务，要教育他们能沿着建国建军的道路前进。这就是教育的成果，也是你们军事教官对‘满洲国’指导上的责任。”

1936年，佐佐木到一为了显示他在改造伪满军上的成就，于10月开始了由伪满军独自担当的东边道九县的“肃清工作”，称为“东边道独立大讨伐”。佐佐木到一被授予全权，形式上由奉天第一军管区司令官于琛澄为"讨伐"总司令，从东北各地选拔1万2千名伪满军组成，进行了为期6个月的大讨伐，致使抗 日武装首领王凤阁遇害。

因佐佐木到一花费了五年时间“整备”伪满军有“成效”，被日本称为“满军之父”。日军全面侵华战争开始后，佐佐木到一于8月2日被任命为师团长为中岛今朝吾的第十六师团步兵第30旅团旅团长，编入华北方面军第2军战斗序列。9月初，率步兵第30旅团从日本京都出发，11日在塘沽登陆，以步兵第30旅团为基干组成佐佐木先遣支队，9月13日从天津乘船出发，攻击前进，占领白洋桥、献县，并开始进行滏阳河溯江作战。10月侵入邢台以东地区。11月9日，佐佐木到一率第30旅团从大连港启航，转入未知战场，11月12日看到海面泛黄，才知道已经进入长江水域，13日在无锡登陆，侵占常熟、无锡、丹阳，随后沿句容、汤水镇公路，向南京攻击前进。12月6日突破南京第一阵地，12日占领了南京，此后进行了惨无人道的南京 大 屠杀。

针对日军在南京的暴 行，1937年12月17日，蒋中正代表国民政府发布《告全国国民书》，全文如下：

“此次抗战，开始迄今，我前线将士伤亡总数已达三十万以上，人民生命财产之损失，更不可以数计，牺牲之重，实为中国有史以来抵御外侮所罕觏。中正身为统帅，使国家人民蒙此钜大牺牲，责任所在，无可旁贷；中心痛苦，实十百倍于已死之将士与民众，一息尚在，唯有捐糜顶踵，以期贯彻抗战到底之主旨，求得国家民族最后之胜利，以报党国，以慰同胞。敌人侵略中国，本有两途，一曰鲸吞，一曰蚕食，今者逞其暴力陷我南京，继此必益张凶焰，遂行其整个征服中国之野心，对于中国为鲸吞，而非蚕食，已由事实证明。就中国本身论之，则所畏不在鲸吞，而在蚕食，诚以鲸吞之祸，显而易见，蚕食之祸，缓而难察。敌苟持慢性之蚕食政策，浸润侵蚀以亡我于不知不觉之间，则难保不存因循苟且之心，懈其敌忾同仇之义，驯至被其次第宰割而后已；今则大祸当前，不容反顾，故为抗战全局策最后之胜利，今日形势，毋宁谓于我为有利。且中国持久抗战，其最后决胜之中心，不但不在南京，抑且不在各大都市，而实寄于全国之乡村与广大强固之民心；我全国同胞诚能晓然于敌人鲸吞无可幸免，父告其子，兄勉其弟，人人敌忾，步步设防，则四千万方里国土以内到处皆可造成有形无形之坚强壁垒，以制敌之死命。故我全国同胞，在今日形势之下，不能徒顾虑一时之胜负，而当澈底认识抗战到底之意义与坚决抱定最后胜利之信心。兹为我同胞约举其要义如下：

　　一、此次抗战，为国民革 命过程中必经之途径，中国欲外求独立，内求生存，解放全民族之束缚，完成新国家之建设，终不能不经此艰难奋斗之一役。故对日抗战，乃三民 主义与强权暴力帝国主义之战争，亦即被侵略民族对侵略者争取独立生存之战争，与通常国际间势均力敌之国家相互战争大异其趣。故抗战之始，非不知我之武器军备一切物质力量远不如人，而我之革 命精神终不当以此为之屈挠。稽之各国史例，凡革 命建国之大业，本非旦夕所可期，所经之险阻愈多，则所获之胜利亦愈大；惟赖我革 命精神无所挠屈，再接再厉，愈挫愈奋，则障碍摧毁之日，即最后胜利之时。敌人此次侵略中国，其最大目的，固不仅欲占我土地，屠我人民，灭我文化，而尤在消灭我三民 主义与革 命之精神；但是我革 命精神一日不灭，即我国家民族亦一日不亡，且今日所遭之挫折，尚未达到艰危之极度，若遂自甘退屈，则精神一弛，国随以亡，奴隶牛马之辱，有十百于今日战争之痛苦而不止者。全国同胞须知任何国家，欲解除压 迫，完成革 命，决非少量代价所可希冀，此日多忍痛一分，将来成功亦多增一分，吾人为国家民族与世世子孙计，牺牲虽钜，无可避，亦无可辞，所谓当澈底认识抗战到底之意义者此也。

　　二、既明革 命过程中之中国当以抗战到底为本务，到目前形势无论如何转变，唯有向前迈进，万无中途屈服之理。盖抗战虽不能必胜，而屈服即自促灭亡；与其屈服而亡，固毋宁抗战而败。战败终有转败为胜之时，灭亡永无复兴之望，国家独立之人格一隳，敌人宰割之方法愈酷，万劫不复，即永陷于沉 沦。况战争成败之关键，常系于主动被动成分之多寡。此次抗战，绵亘五月，敌方最初企图，实欲不战而屈我，我方所以待敌者，始终为战而不屈，不屈则敌之目的终不能达，敌愈深入，将愈陷于被动之地位。敌如必欲尽占我四千万方里之土地，宰割我四万万之人民，所需兵力，当为几何？诚使我全国同胞不屈不挠，前仆后继，随时随地皆能发动坚强之抵抗力，敌之武力，终有穷时，最后胜利，必属于我，所谓当坚决抱定抗战必胜之信心者此也。

　　三、日本侵略中国实为其侵略世界之开始。中国自抗战之初，揭橥二义，为民族生存与独立而战，同时即为国际和平正义而战；数月以来，虽国际之制裁尚未充分发挥，而公理之是非固已大白于天下。吾人对于此种伟大使命，既已毅然承当，则不问国际形势前途如何，必当尽其在我，初不必遽形失望，尤不可稍存依赖；但使世界正义不终梏亡，则吾人目的必有达到之一日。任重道远，不容少懈，此尤全国同胞所宜深念者也。中正受命党国，有进无退，当此存亡呼吸之际，愿与吾同胞共勉之！”