从某种程度上来说，康熙假借三藩上疏请求撤藩的借口 下令撤藩，其实存在着武断的成分。在康熙看来，撤藩是你 们自己提出的，只要撤藩令一下，你们就必须要拱手相让，更不会叛乱。康熙太过自信， 以至于当他知道吴三桂起兵 时，还未有丝毫准备。再看吴三桂，一方面和朝廷的官员虚 与委蛇，蒙蔽朝廷，另一方面又积极准备、招兵买马、联络 旧部，准备起兵。
清廷下令撤藩的决定彻底击碎了吴三桂“世镇云南”的 幻想。在撤藩令下来以后，吴三桂第一时间暗中指使其党羽 向撤藩使者请愿，要求朝廷撤销这一决定，在被否定后，他 又找各种借口拖延执行时间，与其心腹密谋叛乱。
吴三桂认为，云南虽然偏居一隅，但自己已经镇守云南 十几年，早已雄霸一方、兵力十足，并且，他的旧部和党羽 遍布各省，比如，云南的十镇大帅、贵州提督李本深、四川 总兵吴之茂、陕西提督王辅臣等，只要自己拉起起兵大旗， 这些人势必会一呼百应，而清廷的开国老将早已垂垂老矣， 康熙帝不过是个乳臭未干的黄毛小子，根本不足为虑， 自 己的儿子吴应熊在北京，但其是额驸，况且自己兵强马壮， “朝廷必不杀，以为之招”。
他还指使其党羽以“九天紫府刘真人”的名义吹捧自己 是“中国真主”，为反叛大造舆论。
在经过一阵短暂的准备后，康熙十二年（1673年）十一 月底，吴三桂铤而走险，杀巡抚朱国治， 自号“周王天下都招讨兵马大元帅”，令部下“蓄发，易衣冠”，起兵云南。 吴三桂在“矢忠新朝”三十年后，又扯起了“复明”
的旗号。反叛之前，率部下祭扫桂王陵墓，“恸哭，伏地不 能起”，对部下大加煽动。反叛之后，发布檄文，指责清朝 “窃我先朝神器，变我中国冠裳”，并声称要“共举大明之 文物，悉还中夏之乾坤”。
吴三桂起兵初期，叛军乘锐连下贵州全省、湖南的衡 州。与此同时，靖南王耿精忠、平南王尚之信和吴三桂在各 地的党羽纷纷响应，比如四川之郑蛟麟、谭弘、吴之茂，广 西之罗森、孙延龄，陕西之王辅臣，河北之蔡禄等也先后揭 起叛旗，以此对抗清朝。所以，在三藩之乱初，吴三桂势力 几乎就占据了半壁江山。相比于靖难之役中的燕王朱棣，吴 三桂可谓迎来了梦幻般的开局。
在吴三桂看来，自己的军队战斗力远胜于清廷的八旗 军，他举起反清大旗，更可以争取广大汉族人民的支持，而 年轻的康熙绝非自己的对手，认为自己是胜券在握了。
吴三桂起兵，貌似顺利，其实隐藏着巨大的隐患。
第一，吴三桂反清的理由不充分。
吴三桂打着“反清复明”的口号反叛清朝，这一点根 本站不住脚，吴三桂的“历史”天下人都明白：其一，明朝末年，是吴三桂打开山海关为清兵做了马前卒，把他们放进 来的；其二，南明的永历帝，是吴三桂追到缅甸去把他杀 死的。吴三桂“叛徒”打着“反清复明”的口号，无非是让 更多人耻笑，即便是那些反清复明的仁人志士，也不耻与他 合作。
第二，响应吴三桂的藩镇虽多，但真正能与之同心协力 的很少。
在吴三桂起兵时，虽然有很多藩镇响应，但是却并不听 他的号令，每一个造反的藩镇，所考虑的都是自己的利益， 而且是眼前的、一时的利益，而不是长远的、全局的利益， 吴三桂对他们发号命令，他们根本不听，也不执行，最典型 的就是甘肃的王辅臣，虽然他是从吴三桂身边走出去的，吴 三桂也在极力拉拢他，请他出任总管大将军，但他其实并不 听吴三桂节制。
另外，藩镇们在吴三桂和清朝之间摇摆不定，瞻前顾 后。其中，曾经多次反复的包括耿精忠、尚之信、王辅臣、 孙延龄等。可以说，除了吴三桂， 以及老牌抗清将领郑经 （郑成功的儿子） ，基本上都是在反叛和投降清朝之间摇 摆，造成叛军队伍混乱不堪。由此可见，叛军队伍虽然强 大，但真正拼尽全力战斗的却很少。
最重要的是吴三桂和其他造反藩镇之间为了自身利益， 矛盾太多，大大消耗了自身力量。比如镇守广西的孙延龄， 先受吴三桂的拉拢，举起反清大旗。但是在清朝的招抚下， 又投降清朝。后来，吴三桂的孙子吴世琮击杀孙延龄。孙延 龄的部众又和吴世琮发生矛盾，攻击吴三桂军队，后来还成 为吴三桂后方的心腹大患。可以说，内部消耗是造成吴三桂 起兵失败的重要原因。
第三，吴三桂在战略上出现巨大的失误。
吴三桂在湖南战场之后，犯了一个致命性的错误，这让 清廷赢得了足够的时间来部署和调兵遣将，吴三桂认为凭借 长江之险，能和清廷分庭抗礼，最后实现就算打不败清军， 也划江而治的目的，毕竟，割据南方一直是他以来的梦想。 所以，他没有听从部下的建议，进行北上或者南下，或是出 巴蜀、据汉中，而是分兵湖南、江西、湖北、逐地争夺一些 价值不高的城镇，造成战机贻误。
但是，我们看历史上，从来没有一个政权，可以依靠长 江，守住南方防线的。必须要深入中原腹地，才可以取得胜 利。但是年迈的吴三桂失去进取心，不敢深入中原，因而失 去进攻的好机会。
第四，清军采取各个击破的策略镇压叛军，各路藩镇跟着吴三桂起兵，清军采取的是以招抚为主的 策略，康熙下令，只要他们投降，可以既往不咎，还可以对 他们加官进爵，但是对起兵头目吴三桂，清廷则坚决打击。 另外，吴三桂与个别藩镇之间本身就有矛盾，导致了他被孤 立起来。
第五，吴三桂最后阶段称帝，让他彻底失去百姓和其他 势力的支持。
吴三桂是打的“反清复明”的旗号造反的，表面上看， 他尊奉所谓的朱三太子，实际上，任何一个明朝皇室后裔他 都没有遵奉，但这还能勉强说得过去，但是最后阶段，他竟 然称帝，这就更站不住脚了，这样一来，他便失去了两方面 的支持。一是普通老百姓的支持，二是各反叛藩镇的支持。 失去这些支持，谁还愿意跟随他打仗？
可以说，在清朝分化瓦解及吴三桂自己作死的双重作用 下，吴三桂走向了灭亡的边沿。
