林微一心扑在研究皇帝家族病史、探寻治愈皇帝卟啉症的道路上，然而，宫廷之中又一桩突如其来的变故打破了暂时的平静。一日清晨，皇宫中突然传来一阵惊呼声，云昭仪被发现死在了自己的寝宫之中。消息瞬间传遍了整个宫廷，众人皆惊愕不已。
林微听闻此事，心中一紧，她深知宫廷之中的每一次变故都可能暗藏玄机。她立刻放下手中正在研究的医书，匆匆朝着云昭仪的寝宫赶去。当她赶到时，云昭仪的寝宫已经被侍卫们团团围住，众人神色凝重，议论纷纷。林微穿过人群，走进寝宫。只见云昭仪躺在床上，面色苍白如纸，毫无生气。
林微走上前，仔细观察云昭仪的尸体。她首先注意到云昭仪的脖颈处有一道细微的伤痕，不仔细看几乎难以察觉。林微心中疑惑，这道伤痕看起来十分奇特，不像是普通的伤口。她轻轻拨开云昭仪脖颈处的衣物，想要进一步查看伤口的情况。就在这时，她惊讶地发现，伤口处竟然有类似现代手术缝合的痕迹。
林微心中大惊，在这古代宫廷，怎么会出现现代手术才有的缝合痕迹？这背后究竟隐藏着怎样的秘密？林微深知此事非同小可，她决定深入调查，揭开云昭仪死亡的真相。林微先是询问了云昭仪身边的宫女和太监，了解云昭仪生前的情况。宫女们哭哭啼啼地说道：“林医官，昨日昭仪娘娘还好好的，与我们有说有笑。晚上我们伺候娘娘休息后，便各自回房了。今日一早，我们进来伺候娘娘起床，就发现娘娘已经……”
林微又问：“那你们在夜里可有听到什么异常的动静？或者看到什么可疑的人？” 宫女太监们纷纷摇头，表示并未察觉到任何异样。林微皱起眉头，事情似乎变得更加扑朔迷离了。她决定从云昭仪的尸体入手，寻找更多线索。林微仔细检查云昭仪的全身，除了脖颈处的伤口，她还发现云昭仪的腹部也有一些奇怪的痕迹，同样像是经过了某种手术处理。
林微心中愈发确定，云昭仪的死绝非偶然，而是有人蓄意为之，并且这个人很可能具备现代医学知识。林微想到了自己在宫中的处境，她是现代穿越而来，掌握着现代医学知识，如今云昭仪的尸体上出现现代手术痕迹，很容易让人怀疑到她的头上。林微深知，自己必须尽快查明真相，洗清嫌疑，同时也不能让真正的凶手逍遥法外。
林微决定从云昭仪的人际关系入手，调查是否有人有杀害她的动机。她首先想到了云昭仪曾经参与的宫廷阴谋，她与沈贵妃勾结，试图利用 “神虫” 传播炭疽病，虽然阴谋最终被林微揭穿，但难保没有残余势力为了报复而对云昭仪下手。林微找到了曾经参与调查 “神虫” 事件的暗卫首领苏然，向他说明了情况。苏然听后，脸色变得十分凝重，他说道：“林微，此事确实蹊跷。我这就派人去调查云昭仪身边的人，看看是否能找到什么线索。”
在苏然调查云昭仪人际关系的同时，林微决定再次深入研究云昭仪尸体上的手术痕迹。她凭借着自己的专业知识，对伤口的缝合方式、所用的线等进行了仔细分析。她发现，缝合伤口所用的线并非普通的丝线，而是一种质地坚韧、细如发丝的特殊材质，这种材质在古代根本不可能存在。林微心中更加确定，凶手一定是来自现代，或者与现代穿越者有着密切的关系。
就在林微陷入沉思之时，苏然派人传来消息，说是在云昭仪的书房中发现了一封未写完的信件，信件内容似乎与一场阴谋有关。林微立刻赶到云昭仪的书房，看到了那封信件。信件上写道：“我不能再这样下去了，我要揭露他们的阴谋，否则将会有更多的人受到伤害……” 信件写到这里戛然而止，显然云昭仪在写信的过程中遭遇了不测。
林微心中一动，她猜测云昭仪可能发现了某个重大的阴谋，想要将其揭露，却因此遭到了凶手的杀害。林微决定顺着这条线索继续追查下去。她和苏然一起，对云昭仪生前接触过的人进行了逐一排查，尤其是那些与宫廷阴谋有关的人。经过一番艰苦的调查，他们终于发现了一个可疑的人物。
这个人是云昭仪的一位远房亲戚，名叫周玉。周玉原本是一个普通的宫女，后来因为与云昭仪攀上了关系，在宫中的地位逐渐提升。林微和苏然发现，周玉最近的行为十分反常，她时常在夜里偷偷外出，行踪诡秘。林微和苏然决定跟踪周玉，看看她究竟在搞什么名堂。
一天夜里，周玉像往常一样，偷偷溜出了自己的房间。林微和苏然远远地跟在她的身后。只见周玉来到了皇宫的一处偏僻角落，那里有一个废弃的仓库。周玉左右张望了一番，确认无人后，走进了仓库。林微和苏然小心翼翼地靠近仓库，躲在一旁的草丛中，观察着里面的动静。
过了一会儿，仓库里传来了一阵说话声。林微和苏然竖起耳朵，只听一个男人的声音说道：“周玉，你确定云昭仪发现了我们的计划？” 周玉回答道：“大人，我确定。那贱人不知从哪里得知了我们的秘密，还打算写信揭露我们。我怕事情败露，便一不做二不休，将她给解决了。” 男人又说：“你做得太草率了，现在尸体上留下了手术痕迹，万一被人发现，我们都得完蛋！” 周玉连忙说道：“大人放心，我已经想好了对策。我们可以将罪名嫁祸给林微，她是现代穿越而来，懂得现代医术，让她来背这个黑锅再合适不过了。”
林微和苏然听到这里，心中大怒。他们没想到周玉竟然如此狠毒，不仅杀害了云昭仪，还妄图嫁祸给林微。林微和苏然对视一眼，决定立刻冲进仓库，将这两人抓住。他们迅速起身，冲进仓库。周玉和那个男人看到林微和苏然，脸色大变，想要逃跑。林微和苏然早有准备，他们迅速出手，将两人制服。
在林微和苏然的审问下，周玉和那个男人终于交代了事情的真相。原来，他们是一个秘密组织的成员，这个组织一直在暗中策划一场阴谋，企图颠覆朝廷，夺取政权。云昭仪偶然间发现了他们的计划，想要揭露，却遭到了他们的杀害。为了掩盖罪行，周玉利用自己曾经在林微身边学习过一些现代医学知识的机会，模仿现代手术的方式处理了云昭仪的尸体，企图嫁祸给林微。
林微和苏然将周玉和那个男人交给了太后处置。太后得知事情的真相后，怒不可遏，下令将两人严惩。云昭仪之死的真相终于大白于天下，林微也成功洗清了嫌疑。然而，林微知道，宫廷之中的危险并未完全解除，这个秘密组织的出现，让她意识到，未来的道路将会更加艰难……
