赶跑猎人后，森林暂时恢复了往日的平静。然而，好景不长，一场更为严峻的生存危机正悄然降临。
人类在森林周边建起了诸多工厂。工厂整日排放着浓浓的黑烟，那黑烟中裹挟着刺鼻的恶臭与大量灰尘。风一吹，黑烟便如黑色的恶魔般将森林笼罩在重重浓雾之中，致使森林中的生物呼吸困难，眼睛也难以睁开。黑烟不仅给原本翠绿的森林蒙上了一层灰黑色的阴霾，每逢降雨，灰尘还会随着雨水滴落到地面，流入溪水，将森林中的水源染得漆黑如墨汁。除了令人作呕的恶臭与漆黑的溪水，整日不绝于耳的还有隆隆的机器轰鸣声，吵得人心烦意乱，难以入眠。鸟儿们原本幸福安宁的生活一去不复返，许多鸟儿因环境恶化生病死去，有些则被迫背井离乡。更为糟糕的是，一大群伐木工人涌入森林，他们带着各种砍伐机器，大片森林在短时间内被砍伐殆尽，鸟儿们即将面临失去家园的悲惨命运。
目睹生存环境愈发恶劣，生存空间不断缩小，倘若再不设法阻止人类的疯狂破坏行径，不仅鸟类，所有动物都将难以生存。这天，在鸟王孔雀的主持下，鸟王们齐聚一堂，召开协商会议。鸟王们群情激愤，纷纷提议像上次那样请虎王出面制止人类的砍伐行为。鸟王孔雀望向聪聪，问道：“聪聪，你觉得这个办法可行吗？” 聪聪无奈地摇摇头，说道：“人类这次行动规模浩大，武器装备先进，仅靠我们动物的力量，根本无法与之抗衡。” 众鸟王听闻，绝望地说道：“难道我们只能坐以待毙吗？” 聪聪冷静地回应：“我曾听主人提及，人类有个地球环保组织，专门与污染环境、砍伐森林、破坏大自然的行为作斗争。我们必须寻求他们的帮助，才有希望制止人类的疯狂毁灭行为。” 鸟王孔雀急切地说：“聪聪，你有办法找到他们吗？鸟类的命运可就全系于你一身了。” 聪聪坚定地回答：“为了拯救我们鸟类，无论如何，我都要找到他们。” 鸟王们听后，激动得热泪盈眶。
为了便于行动，聪聪决定独自重返人类世界，寻找地球环保组织。它告别群鸟，毅然飞出森林。尽管聪聪深知人类世界充满未知，但历经诸多磨难的它已无所畏惧，能够从容应对各种危险。只是，该去哪里寻找地球环保组织呢？这让聪聪一时陷入迷茫。
聪聪只能漫无目的地朝着人类居住的地方飞去，期望能有好运降临，可始终不见地球环保组织的踪迹。这天，聪聪飞至一座村庄后面的山林，打算稍作休息后再进村庄打听消息。它正眯着眼睛在树枝上打盹，突然，一声兴奋的呼喊传来：“大家快看，我抓住了一只画眉鸟。” 聪聪心中一惊，立刻睁开眼睛，发现自己已落入一个网兜。一个十多岁的小男孩正拿着带网兜的竹竿，将它套住。若是从前，聪聪定会吓得大喊大叫，但如今历经重重考验的它已处变不惊。它并未拼命挣扎，而是迅速在脑海中思索对策。突然，它灵机一动，闭上眼睛，屏住呼吸，佯装死去，一动不动地躺在网兜里。几个男孩子围拢过来，见聪聪没了动静，便责怪那个小男孩用力过猛，把鸟儿弄死了。小男孩一脸沮丧地将聪聪从网兜里取出。就在他松手的瞬间，聪聪突然张开翅膀，如离弦之箭般飞到树上。那几个小男孩眼睁睁看着到手的鸟儿飞走，懊恼不已。
逃过一劫的聪聪正欲离开，忽见远处走来两个年轻小伙子。其中一个身材高高瘦瘦的小伙子，对着手提着鸟笼的几个男孩子说道：“我叫天明，是地球环保组织的成员。你们捕捉野生珍稀鸟类，这是违法行为，请你们放了它们。” 聪聪一听，惊喜万分，真是踏破铁鞋无觅处，得来全不费功夫。但它担心有诈，决定先观察清楚再现身。起初，几个小男孩并未认识到自己的错误，坚决不同意放生鸟儿。叫天明的小伙子便耐心地向他们宣传保护鸟类的意义，言辞恳切，合情合理，最终成功说服了这几个小男孩。他们将抓来的鸟儿全部放飞，而后蹦蹦跳跳地下山去了。那两个小伙子刚要离开，聪聪连忙飞到他们头顶的树上，问道：“你们真的是地球环保组织的吗？” 天明亲切地回答：“当然是。” 聪聪高兴地问：“你们能帮帮我们鸟类吗？” 天明关切地问：“你们遇到什么事了？” 于是，聪聪便将人类污染环境、砍伐森林的事详细讲述了一遍。天明气愤地说：“简直岂有此理，那些人太可恶了。长此以往，人类迟早会遭到大自然的报复。好，我们跟你去制止他们。” 聪聪顿时开心得手舞足蹈。
于是，天明带着环保组织的几个同伴，开着汽车，在聪聪的带领下，来到了聪聪所指的地方。眼前的景象让他们大为震惊，到处是冒着黑烟的工厂，河流漆黑如墨，伐木工人四处忙碌，空气中弥漫着刺鼻的气味。天明他们当即决定制止这种破坏行为。然而，事情进展并不顺利，他们四处碰壁。找到工厂厂长，苦口婆心地劝说停止生产，重视环境保护，可厂长为了眼前利益，不仅拒不停产，还让人将他们赶了出来。找到伐木场场主，请求停止砍伐，场主却舍不得放弃既得利益，坚决拒绝，甚至指使伐木工人威胁他们。天明等人见劝说无果，心急如焚却又束手无策。森林里的动物得知地球环保组织都无法阻止人类的破坏行为，陷入了深深的绝望，默默等待着末日的降临。
就在人类为了眼前利益肆意破坏森林之时，一场突如其来的灾难降临在他们头上。村庄里的人们突然发现，近期许多人都患上了一种怪病，先是高烧不退，接着皮肤溃烂，不久便一命呜呼。起初，人们以为只是普通疾病，但很快意识到这是瘟疫降临，顿时恐慌蔓延。工厂、伐木场纷纷停工，人们想尽办法抗击疫情。经医生诊断，这是一场前所未有的可怕瘟疫，要消除病毒，必须集齐两样奇毒 —— 眼镜蛇王的毒液和鳄鱼王的眼泪，以及一样奇物 —— 千年野生灵芝作为药引。可这三样至毒至补的药引都深藏在深山老林之中，寻找之路凶险万分，困难重重，几乎九死一生，因此无人敢去尝试。这时，聪聪和天明自告奋勇，决定冒险一试。但他们与工厂及伐木场约定，只要取到毒物和千年野生灵芝，人类必须停止破坏行为。得到人们的承诺后，他们便结伴踏上了寻宝之旅。
