荣王被杀，主力被歼，但仍有部分残余势力分散在江南各地，试图潜伏起来，等待东山再起的机会。李羽白深知，斩草必须除根，否则后患无穷。他与秦岳、周衡等人商议后，制定了详细的肃清余孽计划。
“江南东路的残余势力，主要集中在苏州、湖州、温州等地的山区与渔村。” 李羽白指着舆图，“林薇，你率捕快，负责肃清苏州、湖州的余孽；沈砚，你协助温州官府，搜查温州船坞的残余工匠与伏兵；秦统领，水师负责肃清沿海渔村的余孽，防止他们从海上逃跑；周大人，你负责安抚百姓，恢复各地的秩序，同时严查与荣王余党勾结的官员，彻底清除江南的腐败势力。”
众人领命，分头行动。林薇带着捕快，深入苏州、湖州的山区，与残余势力展开激战。这些残余势力大多是荣王的死忠分子，负隅顽抗，但在训练有素的捕快面前，不堪一击。经过半个月的清剿，苏州、湖州的残余势力被尽数肃清，共抓获余党三百余人，缴获兵器千余件。
沈砚在温州官府的协助下，搜查了温州船坞的所有角落，抓获了二十余名残余工匠与伏兵。这些工匠都是陈墨的徒弟，精通漕船改造与机关设计，沈砚对他们进行了审讯，了解到了更多关于荣王谋反计划的细节，以及陈墨的下落 —— 陈墨在三塔礁之战后，化妆成渔民，逃往了海外。
秦岳率领水师，在沿海渔村展开搜查，抓获了百余名残余伏兵，烧毁了十余艘隐藏在渔村的战船。水师还在海上巡逻，拦截了三艘试图逃往海外的船只，抓获了五十余名余党，其中包括几名荣王的亲信。
周衡则在江南各地展开了大规模的官员清查，根据之前缴获的书信与账册，传讯了数十名与荣王余党勾结的官员。这些官员有的收受贿赂，有的为荣王余党提供便利，有的甚至参与了谋反计划。周衡依法对他们进行了处置，轻者罢官流放，重者斩首示众，彻底清除了江南官场的腐败势力。
与此同时，漕运的整顿工作也在有条不紊地进行。李羽白与周衡一起，重新制定了漕运制度，加强了对漕船的检验与管理，设立了严格的奖惩机制，防止官员与漕商勾结，走私私盐、调换漕粮。沈砚则设计了新的漕船检验工具，能够快速检测漕船是否有暗舱、机关等违规改造，确保漕运的安全与公正。
经过三个月的努力，江南的秩序终于恢复了正常。漕运畅通无阻，百姓们能买到平价的食盐与粮食，再也不用受盐枭与腐败官员的盘剥。各地的官员廉洁奉公，积极治理地方，江南呈现出一片繁荣稳定的景象。
杭州府衙的议事厅内，李羽白、沈砚、林薇、秦岳、周衡等人齐聚一堂，庆祝清剿余孽与漕运整顿的成功。案台上摆满了酒菜，众人举杯欢庆，气氛热烈。
“李大人，此次能够成功平定荣王谋反，肃清余孽，恢复漕运清明，你功不可没！” 周衡举起酒杯，“我敬你一杯！”
李羽白举杯回应：“周大人过奖了，这都是大家共同努力的结果。没有秦统领的水师支援，没有林捕头的勇猛作战，没有沈先生的技术支持，没有各位的鼎力相助，我们不可能取得这么大的成功。”
沈砚也举起酒杯：“老师，此次案件，让我学到了很多。宋代的机关术、漕运制度、水师战船，都让我大开眼界。我会继续钻研检验技术，为破解更多的疑难案件贡献力量。”
林薇笑着说道：“我也一样，这次的战斗，让我的武艺与经验都得到了提升。以后，无论遇到多么强大的敌人，我都会勇敢面对，守护江南的安宁。”
秦岳感慨道：“经过这次事件，水师也进行了全面的整顿，清除了内奸，加强了训练，战斗力得到了极大的提升。以后，我们会更加严密地守卫江南的海域，防止任何叛乱与入侵。”
众人畅饮畅谈，直到深夜才散去。李羽白独自留在议事厅，看着窗外的月光，心中似乎隐隐不安，感觉即将要分别。
